Brainspotting kann bei emotional bedrückenden Erlebnissen eingesetzt werden. Während der Behandlung bewegt der Therapeut seine Hand langsam, mit entsprechendem Abstand, vor dem Gesicht des Klienten. Dieser folgt den Fingen des Therapeuten mit den Augen. Wenn die Augenbewegungen an einem bestimmten Punkt stoppen, also nicht mehr der Hand des Therapeuten folgen, ist der Brainspot gefunden.
Man nimmt an, dass an diesem Punkt das belastende Ereignis gespeichert ist. Der Brainspot öffnet die Tür zu dem Punkt im Gehirn, wo die emotionalen Ereignisse abgespeichert sind. Dadurch werden tiefere Gehirnstrukturen aktiviert, ohne dass der Klient in psychischen Stress versetzt wird. Ziel ist die Auflösung der blockierenden Erregung im Gehirn und im Körper. Dabei wird die Fähigkeit des Gehirns genutzt, sich selbst zu regulieren und neu auszubalancieren.